在具體操作層面，非法證據(jù)排除可以在刑事訴訟過程中的三個階段進(jìn)行：

1、檢察階段。這一階段又分為批捕和審查***兩個環(huán)節(jié)。在批捕環(huán)節(jié)，檢察機(jī)關(guān)發(fā)現(xiàn)偵查機(jī)關(guān)所取證據(jù)存在違法行為的，可以責(zé)令其予以糾正，并不得將非法證據(jù)作為批準(zhǔn)逮捕的依據(jù)，乃至作出不予批準(zhǔn)逮捕的決定。在審查***環(huán)節(jié)發(fā)現(xiàn)非法證據(jù)的，除了責(zé)令偵查機(jī)關(guān)予以糾正外，還可以主動將非法證據(jù)予以排除，使之在案件移送至法院之前就被清理掉。可見，這一階段主要是檢察機(jī)關(guān)依職權(quán)主動進(jìn)行的。

2、庭前會議階段。根據(jù)最高人民法院發(fā)布的《人民法院**刑事案件庭前會議規(guī)程(試行)》規(guī)定，適用普通程序?qū)徖淼男淌掳讣ㄔ嚎梢詻Q定在開庭審理前召開庭前會議。庭前會議中，被告人及其辯護(hù)人可以申請排除非法證據(jù)，但應(yīng)提供相關(guān)的線索和材料，檢察機(jī)關(guān)應(yīng)當(dāng)就證據(jù)的合法性作出說明。如果雙方達(dá)成一致意見，則可以排除非法證據(jù);如果未能達(dá)成一致意見，則該爭議問題就會進(jìn)入庭審階段展開法庭調(diào)查。

3、庭審階段。庭前會議的目的，是為了將有關(guān)程序性事項在庭審前就進(jìn)行解決，以便庭審時能夠集中精力審理案件的實體方面。對排除非法證據(jù)存在爭議的，應(yīng)當(dāng)在庭審中進(jìn)行解決。但根據(jù)庭前會議規(guī)程規(guī)定，公訴人提供的證據(jù)材料確實、充分，能夠排除非法取證情形，且沒有新的線索或者材料表明可能存在非法取證的，庭審調(diào)查舉證、質(zhì)證可以簡化。

此外，如果被告人及其辯護(hù)人在庭前會議階段未提出申請排除非法證據(jù)，如果有新的證據(jù)證實可能存在非法證據(jù)情形的，也可以在庭審階段提出。否則，庭前會議階段未提出的，庭審時應(yīng)不得再提出。

不管是什么樣的訴訟最重要的環(huán)節(jié)就是證據(jù)的質(zhì)證，而在刑事訴訟當(dāng)中對于從非法的渠道來獲得的證據(jù)是絕對不能夠作為證據(jù)使用的，需要依法進(jìn)行排除，而非法證據(jù)排除的階段，主要有三個，一個是檢查階段，另外就是庭前會議和庭審階段。